マイナポータル連携の事前準備｜確定申告の前にやっておく設定と、自動入力できる書類（令和8年分）

この記事のポイント

マイナポータル連携を使うと、源泉徴収票・医療費・ふるさと納税・iDeCo などのデータを確定申告書に自動入力できる
使うには初回だけ事前準備が必要。マイナンバーカードと、カードを読み取れるスマホ（またはICカードリーダライタ）を用意する
家族の医療費や保険料の証明書を取り込むには、マイナポータルで代理人の登録をしておく
給与の源泉徴収票を取り込むには、勤め先側の条件と、e-Tax のマイページでの「情報取得希望」の登録が必要

マイナポータル連携とは

マイナポータル連携は、確定申告の手続で、マイナポータル経由で給与所得の源泉徴収票や控除証明書などのデータをまとめて取得し、申告書の該当項目へ自動入力する機能です。国税庁の「確定申告書等作成コーナー」で使えます（マイナンバーカードを使って e-Tax で提出する場合に限ります）。

国税庁によると、令和7年分の確定申告では約408万人がマイナポータル連携を利用しています。書類の数字を1つずつ手で打ち込む手間と、打ち間違いを減らせるのが利点です。

確定申告そのものの流れは確定申告の流れで解説しています。この記事では、申告の時期より前に済ませておきたい事前準備に絞って説明します。

自動入力できる書類（令和8年分）

国税庁の令和8年分の案内では、マイナポータル連携の対象として次のものが挙げられています。

区分	対象
収入関係	給与所得の源泉徴収票／公的年金等の源泉徴収票／株式の特定口座年間取引報告書／生命保険契約等の一時金・年金／損害保険契約等の満期返戻金等・年金
控除関係	医療費／寄附金（ふるさと納税など）／社会保険（国民年金保険料など）／生命保険料・地震保険料／iDeCo／住宅ローン控除関係　など

ただし、控除証明書のデータを取り込めるのは、証明書を出す会社や団体がマイナポータル連携に対応している場合だけです。加入している保険会社・証券会社・ふるさと納税サイトなどが対応しているかは、国税庁の「マイナポータル連携可能な控除証明書等発行主体一覧」で確認できます。

医療費のデータは保険診療分が対象で、はり・きゅうの施術費用や整骨院・接骨院の柔道整復療養費などは取得できません。取り込めない分は領収書をもとに入力します（医療費控除の明細書の書き方も参考にしてください）。

事前準備の手順（初回だけ）

必要なのは、マイナンバーカードと、マイナンバーカード読取対応のスマホ（またはICカードリーダライタ）です。事前準備は、マイナポータルの「確定申告の事前準備」ページから行います。大まかな流れは次のとおりです。

マイナポータルにマイナンバーカードでログインする（利用者登録がまだなら、ここで登録する）
「確定申告の事前準備」で「事前準備をはじめる」を選び、取得したい証明書等（医療費・ふるさと納税・生命保険料・iDeCo など）を選ぶ
画面の案内に沿って、証明書を出す会社や団体のアカウントとの連携などを進める
「証明書の準備状況」で、取得したい証明書が「準備完了」になっていることを確認する

国税庁の案内では、この事前準備は一部の証明書を除き、初めて利用するときに1回行えばよいとされています。手順の画面つきの説明は、国税庁の「マイナポータル連携を利用するまでに行う事前準備（簡易版・全体版）」にまとまっています。

マイナアプリへの切り替えも忘れずに

2026年8月25日から、「マイナポータルアプリ」に「デジタル認証アプリ」の機能を統合した「マイナアプリ」の提供が始まっています。国税庁は、マイナンバーカードを使って申告する人に、アプリをマイナアプリへアップデートし、利用登録をしてから確定申告書等作成コーナーを使うよう案内しています。申告の直前に慌てないよう、先に済ませておきましょう。

家族の分を取り込むなら「代理人の登録」

医療費・社会保険料・生命保険料などは、自分の申告に含められる家族の分を控除できる場合があります。家族の証明書データをマイナポータル連携で取得するには、事前にマイナポータルで代理人の登録を行う必要があります。

登録の方法は、国税庁の資料「マイナポータルにおける代理人の登録」で案内されています。家族それぞれのマイナンバーカードが必要になるため、確定申告の時期より前に、家族がそろっているときに済ませておくのがおすすめです。

給与の源泉徴収票を取り込むための条件

会社員が医療費控除やふるさと納税で確定申告をする場合、源泉徴収票の数字も自動で入れられると便利です。給与情報のマイナポータル連携を使うには、勤め先側と自分側の両方に条件があります。

だれが	必要なこと
勤め先	市区町村へ「給与支払報告書」（令和9年1月1日以後に提出された令和8年分以後のもの）をオンライン（eLTAX）で提出していること。税務署へ源泉徴収票を e-Tax 等で提出している場合も対象
自分	マイナポータルの利用者登録と「確定申告の事前準備」に加え、e-Tax のマイページで「情報取得希望」を登録し、カナ氏名の入力とマイナンバーカードの読み取りを行う

国税庁は、令和8年分（令和9年1月以降）の確定申告から、給与情報のマイナポータル連携を利用できる人が大幅に増えると案内しています。e-Tax マイページの登録は、マイナポータルの「確定申告の事前準備」で取得したい証明書に「給与」を選んで進めると案内される流れです。氏名やマイナンバーなどに変更がなければ、初回だけの手続です。

給与情報が取得できるようになると e-Tax のメッセージボックスに通知が届き、マイページでメールアドレスを登録しておけばメールでも知らせてもらえます。

勤め先がどの方法で提出しているかは、税務署に問い合わせても答えてもらえません。勤め先に確認しましょう。また、自動入力された内容は、勤め先から受け取った源泉徴収票と一致しているかを必ず確認するよう国税庁は案内しています。

国民年金保険料・公的年金は「ねんきんネット」の設定も必要

日本年金機構が出す証明書は、マイナポータルとねんきんネットを連携し、ねんきんネットで「電子送付の希望の登録」をしておく必要があります。国税庁の案内では、期限は次のとおりです。

社会保険料（国民年金保険料）控除証明書：申告する前年の10月中旬までに登録が必要
公的年金等の源泉徴収票：申告する年の1月上旬までに登録が必要

令和8年分の国民年金保険料の控除証明書は、2026年10月中旬が登録の目安でした。間に合わなかった場合は、ねんきんネットで「通知書の再交付申請」を行うよう案内されています。翌年以降も電子データで受け取りたい場合は、電子送付の希望を登録しておきましょう。

マイナンバーカードと電子証明書の有効期限を確認

カードや電子証明書の期限が切れていると、e-Tax もマイナポータル連携も使えません。国税庁の案内では、有効期限は次のとおりです。

マイナンバーカード：発行時に18歳以上なら、発行から10回目の誕生日まで（18歳未満なら5回目の誕生日まで）
電子証明書：年齢にかかわらず、発行から5回目の誕生日まで

どちらも有効期限の3か月前から更新できます。確定申告の時期は市区町村の更新窓口が混み合うと案内されているので、期限が近い人は年内に確認しておくと安心です。

まとめ

マイナポータル連携で、源泉徴収票や控除証明書のデータを確定申告書に自動入力できる
初回だけ、マイナポータルの「確定申告の事前準備」で取得したい証明書を選び、「準備完了」にしておく
家族の分は代理人登録、給与情報は e-Tax マイページの「情報取得希望」の登録が必要
マイナアプリへのアップデートと、カード・電子証明書の有効期限も申告前に確認する

年内に済ませておきたいことは副業の確定申告に向けて年内にやっておくことにもまとめています。

この記事は 2026年11月時点の国税庁の公表資料（令和8年分の確定申告の案内〔令和8年8月〕、マイナポータル連携特設ページ等）にもとづく一般的な解説です。画面や手順は変わることがあるため、実際の操作は国税庁・マイナポータルの最新の案内をご確認ください。