年末調整の書類を出し忘れた・間に合わなかったら？あとから控除を受ける方法【2026年版】

この記事のポイント

出し忘れるとどうなる？

年末調整は、会社に提出した申告書や控除証明書をもとに、1年間の所得税を精算する手続きです。扶養控除等申告書、保険料控除申告書などを出し忘れると、その分の控除が計算に入らず、税金を多く払ったままになることがあります。

ただし、出し忘れたからといって控除の権利がなくなるわけではありません。国税庁の「No.1140 生命保険料控除」では、控除を受ける方法として確定申告書への記入が案内されています。つまり、会社の年末調整に間に合わなくても、自分で申告して控除を受ける道があります。

会社は、年内最後の給与を払うときに年末調整を行うのが一般的で、提出の締め切りは会社ごとに決まっています（11月中旬〜12月上旬が多い）。気づいた時点で次を確認しましょう。

書類の種類は年末調整で会社に出す書類の基本で整理しています。令和8年分の改正点は令和8年分の年末調整で変わることも確認してください。

年末調整で反映されなかった控除は、翌年に確定申告（還付申告）をして受けられる場合があります。国税庁の「No.2030 還付申告」では、給与から源泉徴収された所得税が年間の税額より多いときに、確定申告で差額の還付を受けられると案内されています。

申告義務がない会社員でも、還付を受けるための申告は出せる
提出できる期間は、その年の翌年1月1日から5年間。令和8年分なら令和9年1月1日から
書類は源泉徴収票と、控除を受けるための証明書。生命保険料控除は、支払金額などを証明する書類を申告書に添付または提示する（No.1140）。年末調整で控除を受けたものは不要
申告書は国税庁の「確定申告書等作成コーナー」で作れる

国税庁の「No.2671 年末調整の後に扶養親族等の人数が異動したとき」では、扶養親族の判定は12月31日時点の状況で行うと説明されています。年末調整は年内最後の給与の支払時に行うため、その後に人数が変わると差が出ることがあります。

12月31日までに控除対象扶養親族が増えた場合、源泉徴収票を作成・交付する日までに「給与所得者の扶養控除等（異動）申告書」を出せば、会社が年末調整をやり直せる
やり直さない場合は、本人が確定申告で還付を受けることもできる
対象者が減った場合は、同じ申告書で年末調整をやり直し、不足していた税額を徴収する流れ。この再調整は翌年1月31日より後でも必要とされている

扶養に入れられる収入の目安は家族を扶養に入れられる年収の目安で確認できます。

源泉徴収票が届いたら、控除の欄が自分の想定と合っているか見る（源泉徴収票の見方）
医療費控除やふるさと納税（ワンストップ特例を使わない場合）は、もともと年末調整では受けられず、確定申告が必要（医療費控除とセルフメディケーション税制）
副業がある人は年末調整と副業の関係も確認する
控除を増やしても、納めた所得税が少ない・ない人は、還付される額も小さくなる

この記事は 2026年10月時点で確認できた国税庁の公開情報にもとづく一般的な解説です。会社ごとの締め切りや運用、還付される金額は状況で変わります。具体的な判断は、勤務先の担当部署、国税庁の案内、または税務署・税理士にご確認ください。